Het is 2415 en een groot deel van de mensheid is weggevaagd door een geheimzinnig virus. De mensen die het virus hebben overleefd, leven onder een totalitair regime in de goed beveiligde stad Bregna. Aeon Flux is een vrouwelijke huurmoordenaar en werkt voor een groep rebellen die de regering ten val wil brengen. Tijdens een missie om de regeringsleider van Bregna te doden, stuit ze op geheimen die de toekomst van de wereld een compleet andere richting kunnen geven. Aeon raakt verstrikt in een web van intriges en machtsmisbruik.