Diep in de wildernis van Australië sluit de jonge Cody vriendschap met een grote steenarend. Maar als een wrede stroper de adelaar wil vangen, besluit Cody hem te beschermen. Omdat hij het niet alleen kan, doet hij een oproep die wordt beantwoord door de dapperste muizen ter wereld, Bernard en Bianca. Ze vliegen erheen op hun albatros-vriend Wilbur en beginnen hun grootste en gevaarlijkste missie ooit.