In 1985 kondigt de Franse regering nieuwe kernproeven aan op Moruroa, een atol in Frans Polynesië. Het schip van de milieuorganisatie Greenpeace, de Rainbow Warrior ligt in de haven van Auckland om een protestvloot te leiden die richting Moruroa zal varen. Op 10 juli 1985 ontploffen er twee bommen aan boord en slaan een groot gat in de romp waardoor de Rainbow Warrior zinkt. Fernando Pereira, een Nederlandse fotograaf, komt om het leven. Aanvankelijk wordt gedacht aan een terroristische aanslag, maar het onderzoek wijst al snel in de richting van de Franse geheime dienst. In deze documentaire zijn honderden uren archiefmateriaal en interviews met de betrokkenen verwerkt.