Ben Gates geeft op een conferentie nieuwe informatie vrij over John Wilkes Booth, de moordenaar van Abraham Lincoln. Een man uit het publiek heeft een pagina uit het dagboek van Booth, waaruit blijkt dat Thomas Gates, de overgrootvader van Ben, een van de opdrachtgevers van de moord op Lincoln was. Ben gelooft dit niet en besluit de ware toedracht te achterhalen om de naam van zijn voorvader te zuiveren.
Voor de licht autistische tiener Nathan is de wereld maar ingewikkeld. Hij vindt het moeilijk een band met andere mensen op te bouwen, zelfs met zijn liefdevolle moeder Julie, en troost zich met getallen. Na de plotselinge dood van zijn vader trekt hij zich nog meer terug in zijn eigen veilige wereldje. Maar als zijn leraar - de nogal onconventionele en anarchistische meneer Humphreys - Nathans wiskundetalent ontdekt, ontstaat er een bijzondere en ongewone vriendschap.